Bioinformatic scientist (IE/IR)
Hybrid
Paris, France
Freelance
17-04-2025
Job Specifications
About Us
The Institut Curie Research Center
Institut Curie is a major player in the research and fight against cancer. It consists of a Hospital Group and a Research Center of more than 1000 employees with a strong international representativeness.
The objective of the Research Center is to develop basic research and to use the knowledge produced to improve the diagnosis, prognosis, and therapeutics of cancers as part of the continuum between basic research and innovation serving the patient.
Mission
Context and laboratory
In the frame of the Paris Kids Cancer consortium, a trans-IRPs project is funded that aims at constructing and characterizing a cellular atlas of pediatric cancers based on single-cell transcriptomics and exploring the relationships between development, immune cells and tumor cell phenotypes. To consider both intra-tumor heterogeneity (within tumors) and inter-tumor heterogeneity (between patients), the project will first integrate single-cell RNA-seq data of tumor cells from several pediatric cancer types to further investigate commonalities and relationship between transcriptional and signaling networks. Tumor cell data will be compared to single-cell atlas of normal cells during development that are already published and/or to data generated in the frame of PKC. All non-malignant populations will be integrated from available pediatric malignancies to explore the commonalities and differences of the various populations of the tumor microenvironment with a strong focus on immune cells.
This project offers a unique opportunity to participate in the understanding of tumor initiation and progression of pediatric cancers. The collaborative aspect of the project and interactions with the various teams of the PKC consortium will create a highly synergistic environment. Two bioinformatic scientists will be recruited for the project, one being based at Institut Curie and one being based at Gustave Roussy.
Missions
The Candidate Will
Actively participate in the development of a common analysis pipeline to obtain robust count tables from single-cell transcriptomic raw data.
Run the analysis pipeline on various single-cell RNA-seq datasets obtained in-house and other teams of the PKC consortium as well as published/external datasets.
Use and/or develop methods and strategies to explore the data in close collaboration with biologists. One key aspect will be to perform various integrations of filtered data to address tumor cell phenotypes, links with normal cells of the development and characterize non-malignant populations of the tumor microenvironment.
Actively participate in the preparation of a dedicated Web server to share the various atlases.
Present in team meetings.
The candidate will be supervised by the researchers leading the PKC pan-pediatric atlas project at Institut Curie (Dr Isabelle Janoueix-Lerosey and Dr Joshua Waterfall). This project will be performed in close collaboration with researchers leading the project at Gustave Roussy (Dr Thomas Mercher and Dr Florent Ginhoux).
She/he will benefit from daily exchanges with people working on pediatric cancers and computational biologists with strong expertise. Additionally, the candidate will have the opportunity to interact with the broader bioinformatics community at Institut Curie through the Curie Bioinformatics Hub.
Profile
Candidate profile
Training And Experience Required
Master degree in Bioinformatics or related fields with at least 2 years experience
or PhD in Data Science, Bioinformatics or related fields.
Skills Required
Solid skills in handling NGS datasets
Solid experience in bash and R/python (other programming languages are a plus)
Experience with working in an Unix environment
Experience with working on a computer cluster would be a plus
Good working knowledge in cancer biology would be a plus
Highly motivated and able to collaborate with biologists and bioinformaticians of the whole project
Good skills in written and oral English would be a plus (knowing French is not necessary if the candidate has a good level in English)
All Our Opportunities Are Open To People With Disabilities
Type of contract: Fixed-term contract for IE/IR
Starting date: June 2025
Duration: 18-month term position with the possibility of 18-month extension based on performance
Working time: full time
Remuneration: according to the current grids
Benefits: Collective catering, reimbursement of transportation fees up to 70%, RTT days
Location of the position : Centre de Recherche Paris, Bâtiment Trouillet-Rossignol, 26 rue d’Ulm, 75005 Paris
If you want to apply, please send your CV and motivation letter.
Institut Curie is an inclusive, equal opportunity employer and is dedicated to the highest standards of research integrity.
https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf
Référence de l'offre : mf6zw38hdq
About the Company
Fondation reconnue d’utilité publique, l’Institut Curie associe l'un des plus grands centres de recherche européens en cancérologie et deux établissements hospitaliers de pointe. Fondé en 1909 sur un modèle conçu par Marie Curie et toujours d’avant-garde, «de la recherche fondamentale aux soins innovants», l’Institut Curie rassemble 3 000 chercheurs, médecins, soignants, techniciens et administratifs. Les soins L'Ensemble Hospitalier de l’Institut Curie est un centre de référence pour les cancers du sein, les tumeurs de l’... Know more
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- Ingénieur senior en simulation dynamique des procédés h/f Localisation: La Défense (92) Démarrage: immédiate Durée: jusqu'à décembre 2025 renouvelable Activité Réalisation d’étude de simulation dynamique procédés suivant les Règles de l’Art, dans le cadre de projets et d’études d’ingénierie pour la conception d’installations industrielles dans les secteurs de l’Energie, du Gaz, du Pétrole, de la Chimie/Pétrochimie et de la transition énergétique. L’activité pourra également inclure un volet organisation du travail et gestion d’équipe. Élément clés obligatoires Diplôme Universitaires de niveau MASTER (BAC+5) d’Ingénieur Procédés (Génie des Procédés) et/ou d’Ingénieur Chimiste (Génie Chimique). Maitrise et connaissances étendues des fondamentaux du métier d’ingénieur procédés en « simulation dynamique de procédés » en bureau d’étude en ingénierie dans les secteurs mentionnés en section 2.1 (Le ou les secteurs maitrisés devront être spécifiquement indiqués). Cela implique, mais ne se limite pas à : Connaissance des procédés des technologies / secteurs mentionnés en section 2.1. Maîtrise et connaissance étendues des outils de simulations et de modélisation dynamiques de procédés (et en particulier HYSYS Dynamics, Aveva Dynamic Simulation (aka Dynsim), UniSim Design Suite (Dynamic Simulation) Maitrise de l’élaboration des notes de calculs procédés et de l’utilisation des outils de calculs procédés. Capacité de coordination avec les autres disciplines de la chaine de l’ingénierie et avec les fournisseurs et les bailleurs de licences. Expérience professionnelle effective et confirmée de plus de huit (8) ans minimum en tant qu’ingénieur simulation dynamique de procédés en bureau d’études d’ingénierie (Procédés et Développement de Design), dans un ou des secteurs mentionnés en section 2.1. Trois sous-catégories sont possibles : De huit (8) à dix (10) années d’expérience. De dix (10) à vingt (20 ) années d’expérience. Plus de vingt (20 ) années d’expérience. Connaissances techniques suffisantes en procédés et maitrise suffisante de ces sujets pour vérifier et approuver des travaux et des livrables procédés établis par d’autres. Capacité opérationnelle en supervision, gestion d’équipe et organisation du travail suivant un cahier des charges et un planning d’exécution donnés. Une expérience effective et confirmée en supervision, gestion d’équipe et organisation du travail est un plus. Trois sous-catégories sont possibles : Aucune Equipe de deux (2) à cinq (5) ingénieurs encadrés. Equipe de plus de cinq (5) ingénieurs encadrés. Bon niveau d’anglais (parlé/lu/écrit).