
Modelling Engineer - Coupling And Optimisation M - W H/F
On site
Plouzané, France
Freelance
14-03-2025
Job Specifications
Missions
Closing date for receipt of applications : 21/03/2025
DYNECO (Coastal Ecosystem Dynamics) is an Ifremer research unit dedicated to the response of coastal ecosystems to a number of anthropogenic and natural disturbances. Our approach is centered on the analysis of physical, biogeochemical and ecological processes, based on experimentation, observation and modeling. To this end, DYNECO is divided into 3 thematic laboratories specializing in benthic ecology (LEBCO), pelagic ecology (PELAGOS) and hydro-sedimentary dynamics (DHYSED).
The Pelagos laboratory studies anthropised coastal pelagic ecosystems at different spatial scales (local to regional) and temporal scales (from daily to multi-decadal processes), and the aim is to anticipate the dynamics of these ecosystems through 3 main themes : 1- the analysis of biogeochemical flows associated with planktonic activity; 2- the dynamics of microbial communities and populations and 3- the theoretical analysis of ecosystems through modelling.
Mechanistic modelling of the abiotic and biotic components of the ocean, by simulating the essential dynamic processes, makes IT possible both to improve our understanding of this coupled system and to project its evolution over different time horizons. Hydrodynamic and biogeochemical modelling representing the lower trophic levels (LTL) has reached a level of maturity such that operational products are now available on a global and regional scale, and offered by services such as CMEMS (Copernicus Marine Environment Monitoring Service). Modelling of higher trophic levels (HTLs) has developed considerably over the last two decades, but the levels of uncertainty remain high, notably due to the complexity of the processes involved : long and spatialised life cycles of populations, multiple trophic interactions, impacts of anthropogenic pressures such as fishing. Yet the need to manage populations and conserve biodiversity is becoming ever more pressing in the context of climate change and increasing anthropogenic pressures. Increasing the reliability of HTL models and integrating them into marine ecosystem models to form a complete modelling chain ranging from physics to fish and plankton is the major challenge of the MEDIATION national project (https://www.ocean-climat.fr/Les-actions-et-projets/Les-projets-de-recherche/MEDIATION) and of the european project NECTON (https://www.neccton.eu/).
The position is part of a close collaboration between two Ifremer units :
The DYNECO unit is developing a BLOOM biogeochemical model representing the dynamics of plankton, which is the food of small pelagics.
The HALGO unit of UMR DECOD is developing a DEB-IBM population model of small pelagic anchovies and sardines, representing individual growth and reproduction using the DEB bioenergetic module, and population dynamics using the individual-centred module.
These two models can BE coupled with the plankton feeding the fish (one-way forcing) or with feedback (two-way coupling). The overall objective will BE to contribute to the integration of the DEB-IBM anchovy-sardine module into a 3D hydrodynamic and biogeochemical modelling system for the English Channel- and Gulf of Biscay area. Three biogeochemical models will BE tested and used to assess the uncertainties generated in the fish compartment : the BLOOM model within the CROCO-MUSTANG-BLOOM-DEB-IBM modelling chain as part of the MEDIATION project, and the PISCES and ERSEM models, for forcing only, as part of the NECCTON project.
Main Missions
Development of coupled numerical codes (low and high trophic levels) as part of the PPR MEDIATION and H2020 NECCTON projects
Production of 1DV (1 vertical dimension) and 3D simulations coupling low and high trophic levels, to analyse the transfer of climatic signals from physics to fish.
Participation in project meetings
Valorisation of scientific results
Proposed Actions
Coupling the DEB-IBM module with the BLOOM biogeochemical module as part of the CROCO-MUSTANG-BLOOM-DEB-IBM integrated modelling chain.
Assess the relevance and added value of carrying out a complete coupling (two-ways) rather than simply forcing the fish module by the biogeochemical module, within a simplified 1DV modelling framework.
Carry out 3D hindcast simulations of the CROCO-DEB-IBM coupled model with different biogeochemical forcings in the Channel-Biscay area.
Analyse the uncertainties in the fish compartment linked to the different biogeochemical modules used and the consequences/interactions with the plankton compartment in the context of a complete coupling.
Contribute to the development of simulations in the form of deliverables and scientific articles.
Collaborations
In Ifremer : UMR DECOD, ODE/LOPS, ODE/DYNECO.
Out from Ifremer : INRIA, SHOM, Mercator Ocean, PML.
Working conditions
17 month contract
Profil
Profile
Numerical modelling engineer and/or PhD in marine ecosystem modelling
Experience in a company or research laboratory
Skills
Technical skills :
Mecanistic modelling
Numerical computing
Programming (Fortran, Python, R/Matlab, Shell) under Linux, GitHub/GitLab environments
Analysis and parameterisation of models (calibration, validation, stability and sensitivity studies).
Ability to integrate different scales of analysis and disciplinary approaches.
Spoken and written English.
Good writing skills (articles, reports).
Personal Skills
Autonomy, thoroughness, curiosity
Ability to work in a team as part of a research project
Taste for working in a multidisciplinary network
Description Entreprise
Join Ifremer, an ally of planetary well-being, to gain a better understanding of and better protection for the ocean.
From the abyss to the surface, from the coast to the open SEA, Ifremer is the French research institute that is wholly dedicated to the Ocean. Its teams carry out research, innovate and produce expert reports to protect the ocean, exploit its resources in a responsible manner and shares marine data.
Ifremer contributes its scientific expertise to throw light on public policies and develops solutions drawn from the ocean to meet the challenges of the ecological transition. Ifremer is the operator of France's oceanographic fleet with its shipbuilding subsidiary Genavir, and imagines, designs and deploys leading edge technological means to solve the ocean's mysteries.
Join our teams, made up of 1500 scientists and research support staff, present all along the coastal areas of France and French overseas territories.
www.ifremer.fr
About the Company
Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer, l’Ifremer contribue, par ses travaux et expertises, à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L’Ifremer est source de connaissances, d’innovation, de données de surveillance et d’expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d’activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe. Fondé en 1984, l'Ifr... Know more
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