Ifremer

Company Name: Ifremer
Job Title: CDD Ingénieur en Biologie Moléculaire - Bioinformatique H/F
Job Description: Missions

Date de clôture de réception de candidatures : 17/03/2025

L'unité Ifremer intégrée dans l'UMR MARBEC (https://umr-marbec.fr) mène des travaux de recherche sur la biodiversité marine, ses usages et sa conservation, plus particulièrement en écologie halieutique et en aquacultures durables. Dans ce cadre, l'équipe du Laboratoire Évolution et Génétique des Populations Marines (LEGPM) est spécialisée dans les approches génomiques pour décrire la diversité et l'évolution des populations / espèces / écosystèmes et développe des activités de recherche selon deux axes :(i) la compréhension et la prédiction de l'évolution darwinienne des biocénoses marines naturelles ou exploitées et des services écosystémiques associés, notamment en réponse aux différentes facettes du changement global, et (ii) l'utilisation des outils génétiques et génomiques pour l'étude de l'écologie des populations et des communautés marines. Située sur deux sites (Montpellier et Sète), l'équipe du LEGPM a accès à un laboratoire eDNA, à de nombreuses plateformes de biologie moléculaire et au serveur de calcul Ifremer DATARMOR.

Sous la responsabilité hiérarchique du Responsable d'Unité (Marbec) et du Responsable de laboratoire (LEGPM), vous travaillerez sous la responsabilité scientifique de la cheffe de projet Sophie Arnaud-Haond sur la production et l'analyse de données de métabarcode à partir d'ADNe issu de substrats d'origine marine échantillonnés durant la campagne TREC (https://www.embl.org/about/info/trec/) et analysés dans le cadre du projet Biocean5D (https://biocean5d.org).

Missions principales

Vous aurez pour mission de contribuer (i) à la finalisation de l'extraction d'ADN et de la construction de librairie de métabarcode et (ii) à l'analyse de données de métabarcode, avec utilisation d'un pipeline bioinformatique existant et rédaction de scripts R d'analyse de communautés.

Activités principales

Extraction d'ADN et PCR d'ADNenvironnemental (première étape de librairies de métabarcode)
Analyses bioinformatiques de données de métabarcode avec un pipeline existant
Rédaction de scripts R d'analyses de données de communautés obtenues par métabarcode
Rédaction de rapports d'analyses

Profil

Diplôme de niveau Master2 (Bac +5) dans un domaine en relation avec la biodiversité et l'écologie des communautés, et aura une expérience préalable de caractérisation de communautés par le biais d'analyses de métabarcode d'ADN environnemental.

Compétences techniques / métiers (Savoirs, savoirs faire)

Solides connaissances en travail de laboratoire en général, et en biologie moléculaire en particulier.
Expérience d'utilisation de pipeline bioinformatiques
Expériences de développement de scripts R pour l'analyse de communautés/ de données de métabarcode
Sens de l'organisation.
Anglais parlé et écrit

Qualités personnelles (Savoir-être)

Autonomie
Sens du travail en équipe

Infos complémentaires

Taux d'activité 100%

Description Entreprise

L'Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l'un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l'Ifremer s'inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l'hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l'océan Indien, l'Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l'Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l'océan, du littoral au grand large et des abysses à l'interface avec l'atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l'une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l'innovation pour une économie bleue durable. Leur mission consiste aussi à sensibiliser le grand public aux enjeux maritimes.

Sète, France

On site

25-02-2025

Company Name: Ifremer
Job Title: CDD Ingénieur Halieute H/F
Job Description: Missions

Date de clôture de réception de candidatures : 23 mars 2025.

Le projet SPIDER (Suivi des Populations d'araignées de mer dans le golfe normano-breton et Identification et Développement de solutions pour limiter l'Effet de la pRédation en mytiliculture) s'appuie sur un partenariat entre mytiliculteurs et pêcheurs et les structures les représentants (CRC Bretagne Nord porteur du projet, CRC Normandie-Mer du Nord, Comités départementaux des pêches 22,35, Comités des pêches de Bretagne, de Normandie) et d'un autre côté les scientifiques (IFREMER, SMEL) pour acquérir de nouvelles connaissances sur la dynamique du stock de l'araignée à l'échelle du golfe Normano-Breton en travaillant plus précisément sur la biologie et écologie du mouvement de l'espèce. Cette première partie de l'étude a pour objectif de mieux comprendre la situation actuelle du stock et son interaction avec les zones de production mytilicoles depuis l'Est de la baie de Saint Brieuc jusqu'à la côte normande au niveau de Pirou. En effet, une forte présence d'araignée entraîne un haut niveau de prédation de moules. La seconde partie de ce travail doit permettre de mieux appréhender les techniques et les moyens qui pourraient mis en place pour protéger les moules sur bouchots ou limiter leur densité au sein de ces mêmes bouchots.

L'araignée est un crustacé avec un cycle de croissance assez particulier puisque à environ 2 ans, les individus opèrent une mue terminale durant laquelle ils acquièrent leur maturité sexuelle. Avec une espérance de vie considérée comme basse (4 à 5 ans), les fluctuations de biomasse sont fortes mais depuis près d'une dizaine d'année celle-ci a fortement augmenté. Le premier objectif de ce projet est de comprendre cette tendance. Ce travail alimentera aussi l'expertise du groupe de travail du CIEM (WGCRAB) sur le suivi des stocks de crustacés. Pour développer cette approche, le projet s'appuiera sur les séries déclaratives des pêcheurs, le suivi des débarquements et les marquages qui vont être mis en place (marques spaghettis ou marques archives). Par ailleurs, la récupération de tous les suivis environnementaux existants sera effectuée dans la zone d'étude. L'ensemble de ces données permettra de proposer une évaluation de l'état du stock, intégrant la dynamique spatiale et recherchant à tenir compte de paramètres de l'environnement.

Cette première partie posera les bases pour mieux comprendre la présence des araignées au sein des concessions mytilicoles. Ensuite, pour mieux comprendre la dynamique de présence au sein des concessions afin de limiter l'impact sur la production de moules nous analyserons les données issues des opérations de pêche et d'effarouchement (casiers, filets et dragages) proche des bouchots pour diminuer les densités d'araignées et les données issues des suivis de mouvement via la mise en place de réseau de télémétrie acoustique. Le retour de ces résultats vers les acteurs a pour objectif de mieux orienter la protection des bouchots avec des actions qui soient les plus pertinentes et les moins impactantes sur l'habitat et dont le coût serait circonscrit.

Vous participerez aux travaux menés dans le cadre du projet SPIDER avec l'ensemble des partenaires. Au sein de l'Ifremer, l'implication est assurée par le Laboratoire de Biologie Halieutique de l'unité HALGO à Plouzané. Vous serez accueilli(e) dans les locaux du LBH sur le centre de Bretagne de l'Ifremer (à Plouzané). Vous travaillerez en collaboration avec Martial Laurans (LBH), Mathieu Woillez (LBH), Mickael Rovere (LBH).

Missions principales

Analyser les données de marquages.
Estimer l'état du stock
Comprendre et analyser les mesures de protection des bouchots en intégrant les connaissances de l'écologie du mouvement autour de ces mêmes bouchots.

L'objectif est d'aboutir à une compréhension de la dynamique du stock de l'araignée au niveau du golfe Normano-Breton. Ce travail a ensuite pour objectif de mieux appréhender à une échelle spatiale plus fine la présence de ces mêmes araignées dans les concessions mytilicoles le long de la côte. Ces résultats doivent apporter des éléments de compréhension pour limiter la prédation de ces araignées sur les moules produites par les mytilicoles.

Vos Principales Activités Seront

Formater les données d'entrée nécessaires pour l'évaluation de l'état du stock et des mesures de protections des bouchots.
Tester la sensibilité des sorties de modèle aux jeux de paramètres (e.g. hypothèses sur mortalité naturelle), aux données d'entrées (e.g. séries de captures, d'efforts et indices d'abondance) ainsi qu'à sa structure (e.g. une ou plusieurs flottille(s)).
Participer aux différents programmes de marquage et analyse des données.
Présenter les résultats de ces travaux au groupe à l'ensemble des acteurs du projet et principalement les mytiliculteurs et pêcheurs de la zone.
Rédiger les livrables pour le projet SPIDER.

Champs relationnel

En interne : UMR DECOD (notamment le laboratoire LBH), Unité de service HISSEO (données déclaratives des pêcheurs).
En externe : CIEM (groupe WGCRAB), partenaires du projet SPIDER

Profil

Master 2 (ou doctorat) en halieutique ou écologie quantitative

Compétences techniques / métiers

Halieutique et dynamique de population
Ecologie quantitative
Programmation R
Capacités rédactionnelles (rapports, articles)
Anglais courant

Qualités personnelles

Autonomie, rigueur, curiosité
Capacité à travailler en équipe

Infos complémentaires

Temps complet
Déplacement(s) en Bretagne et Normandie et à l'étranger (en Europe). Il est notamment attendu que la personne retenue participe au groupe de travail du WGCRAB en Octobre 2026.

Description Entreprise

L'Ifremer

Reconnu dans le monde entier comme l'un des tout premiers instituts en sciences et technologies marines, l'Ifremer s'inscrit dans une double perspective de développement durable et de science ouverte. Il mène des recherches, innove, produit des expertises pour protéger et restaurer l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable, et partager les connaissances et les données marines afin de créer de nouvelles opportunités pour une croissance économique respectueuse du milieu marin.

Présents sur toutes les façades maritimes de l'hexagone et des outremers, ses laboratoires sont implantés sur une vingtaine de sites dans les trois grands océans : l'océan Indien, l'Atlantique et le Pacifique. Pour le compte de l'Etat, il opère la Flotte océanographique française au bénéfice de la communauté scientifique nationale. Il conçoit ses propres engins et équipements de pointe pour explorer et observer l'océan, du littoral au grand large et des abysses à l'interface avec l'atmosphère.

Ouverts sur la communauté scientifique internationale, ses 1500 chercheurs, ingénieurs et techniciens font progresser les connaissances sur l'une des dernières frontières inexplorées de notre planète ; ils contribuent à éclairer les politiques publiques et à l'innovation pour une économie bleue durable. L...

Plouzané, France

On site

04-03-2025

Company Name: Ifremer
Job Title: Modelling Engineer - Coupling And Optimisation M - W H/F
Job Description: Missions

Closing date for receipt of applications : 21/03/2025

DYNECO (Coastal Ecosystem Dynamics) is an Ifremer research unit dedicated to the response of coastal ecosystems to a number of anthropogenic and natural disturbances. Our approach is centered on the analysis of physical, biogeochemical and ecological processes, based on experimentation, observation and modeling. To this end, DYNECO is divided into 3 thematic laboratories specializing in benthic ecology (LEBCO), pelagic ecology (PELAGOS) and hydro-sedimentary dynamics (DHYSED).

The Pelagos laboratory studies anthropised coastal pelagic ecosystems at different spatial scales (local to regional) and temporal scales (from daily to multi-decadal processes), and the aim is to anticipate the dynamics of these ecosystems through 3 main themes : 1- the analysis of biogeochemical flows associated with planktonic activity; 2- the dynamics of microbial communities and populations and 3- the theoretical analysis of ecosystems through modelling.

Mechanistic modelling of the abiotic and biotic components of the ocean, by simulating the essential dynamic processes, makes IT possible both to improve our understanding of this coupled system and to project its evolution over different time horizons. Hydrodynamic and biogeochemical modelling representing the lower trophic levels (LTL) has reached a level of maturity such that operational products are now available on a global and regional scale, and offered by services such as CMEMS (Copernicus Marine Environment Monitoring Service). Modelling of higher trophic levels (HTLs) has developed considerably over the last two decades, but the levels of uncertainty remain high, notably due to the complexity of the processes involved : long and spatialised life cycles of populations, multiple trophic interactions, impacts of anthropogenic pressures such as fishing. Yet the need to manage populations and conserve biodiversity is becoming ever more pressing in the context of climate change and increasing anthropogenic pressures. Increasing the reliability of HTL models and integrating them into marine ecosystem models to form a complete modelling chain ranging from physics to fish and plankton is the major challenge of the MEDIATION national project (https://www.ocean-climat.fr/Les-actions-et-projets/Les-projets-de-recherche/MEDIATION) and of the european project NECTON (https://www.neccton.eu/).

The position is part of a close collaboration between two Ifremer units :

The DYNECO unit is developing a BLOOM biogeochemical model representing the dynamics of plankton, which is the food of small pelagics.
The HALGO unit of UMR DECOD is developing a DEB-IBM population model of small pelagic anchovies and sardines, representing individual growth and reproduction using the DEB bioenergetic module, and population dynamics using the individual-centred module.

These two models can BE coupled with the plankton feeding the fish (one-way forcing) or with feedback (two-way coupling). The overall objective will BE to contribute to the integration of the DEB-IBM anchovy-sardine module into a 3D hydrodynamic and biogeochemical modelling system for the English Channel- and Gulf of Biscay area. Three biogeochemical models will BE tested and used to assess the uncertainties generated in the fish compartment : the BLOOM model within the CROCO-MUSTANG-BLOOM-DEB-IBM modelling chain as part of the MEDIATION project, and the PISCES and ERSEM models, for forcing only, as part of the NECCTON project.

Main Missions

Development of coupled numerical codes (low and high trophic levels) as part of the PPR MEDIATION and H2020 NECCTON projects
Production of 1DV (1 vertical dimension) and 3D simulations coupling low and high trophic levels, to analyse the transfer of climatic signals from physics to fish.
Participation in project meetings
Valorisation of scientific results

Proposed Actions

Coupling the DEB-IBM module with the BLOOM biogeochemical module as part of the CROCO-MUSTANG-BLOOM-DEB-IBM integrated modelling chain.
Assess the relevance and added value of carrying out a complete coupling (two-ways) rather than simply forcing the fish module by the biogeochemical module, within a simplified 1DV modelling framework.
Carry out 3D hindcast simulations of the CROCO-DEB-IBM coupled model with different biogeochemical forcings in the Channel-Biscay area.
Analyse the uncertainties in the fish compartment linked to the different biogeochemical modules used and the consequences/interactions with the plankton compartment in the context of a complete coupling.
Contribute to the development of simulations in the form of deliverables and scientific articles.

Collaborations

In Ifremer : UMR DECOD, ODE/LOPS, ODE/DYNECO.
Out from Ifremer : INRIA, SHOM, Mercator Ocean, PML.

Working conditions

17 month contract

Profil

Profile

Numerical modelling engineer and/or PhD in marine ecosystem modelling
Experience in a company or research laboratory

Skills

Technical skills :

Mecanistic modelling
Numerical computing
Programming (Fortran, Python, R/Matlab, Shell) under Linux, GitHub/GitLab environments
Analysis and parameterisation of models (calibration, validation, stability and sensitivity studies).
Ability to integrate different scales of analysis and disciplinary approaches.
Spoken and written English.
Good writing skills (articles, reports).

Personal Skills

Autonomy, thoroughness, curiosity
Ability to work in a team as part of a research project
Taste for working in a multidisciplinary network

Description Entreprise

Join Ifremer, an ally of planetary well-being, to gain a better understanding of and better protection for the ocean.

From the abyss to the surface, from the coast to the open SEA, Ifremer is the French research institute that is wholly dedicated to the Ocean. Its teams carry out research, innovate and produce expert reports to protect the ocean, exploit its resources in a responsible manner and shares marine data.

Ifremer contributes its scientific expertise to throw light on public policies and develops solutions drawn from the ocean to meet the challenges of the ecological transition. Ifremer is the operator of France's oceanographic fleet with its shipbuilding subsidiary Genavir, and imagines, designs and deploys leading edge technological means to solve the ocean's mysteries.

Join our teams, made up of 1500 scientists and research support staff, present all along the coastal areas of France and French overseas territories.

www.ifremer.fr

Plouzané, France

On site

14-03-2025

About the Company

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