SEQONE

About the Company

Founded in 2017, SeqOne Genomics headquartered in Montpellier, France, is a fast-growing deep-tech company focused on turning genomic data into medically actionable insights in oncology, rare and inherited diseases. SeqOne clinical genomic analysis platform, powered by explainable AI, provides genomic labs and healthcare professionals with best-in-class accuracy, usability, and automation seamlessly across lab technologies. By streamlining complex multi-omics analysis workflows, we pave the way for a new era of personalized healthcare at scale, where genetic testing becomes as routine as traditional blood work, radically enhancing health outcomes for all. The company has won numerous awards, including the iLab award and the ARC Cancer Foundation’s Hélène Stark prize. It has been nominated twice for the prestigious Prix Galien award. Investors include Elaia, IRDI Capital Investissement, Merieux Equity Partners, Omnes, and Software Club.

Listed Jobs

Company Name

SEQONE

Job Title

Bioinformaticien Intermédiaire ou Sénior F/H

Job Description

Description du poste
En tant qu’Ingénieur(e) Bioinformatique Sénior ou Bioinformaticien(ne) Intermédiaire, vous jouerez un rôle central dans le développement de pipelines bioinformatiques robustes et fiables pour l’analyse de données NGS dans un cadre médical exigeant. Vous serez responsable de projets complexes, travaillerez en autonomie et collaborerez activement au sein d’une équipe pluridisciplinaire, tout en participant au cycle Scrum.
Missions principales
Développement de pipelines bioinformatiques :
- Concevoir, développer et maintenir des pipelines NGS pour l’analyse d’ADN, ARN et méthylation dans un cadre médical réglementé.
- Participer aux phases de test, validation et documentation des pipelines conformément aux exigences CE-IVD et ISO 13485.
Veille scientifique et exploration :
- Effectuer une veille continue sur les outils, algorithmes et méthodologies émergents en bioinformatique et génétique médicale.
- Identifier des solutions innovantes et les transformer en outils opérationnels pour répondre aux besoins utilisateurs.
Optimisation algorithmique :
- Proposer et intégrer des algorithmes avancés pour améliorer la scalabilité, la rapidité et l’efficacité des pipelines.
- Utiliser des structures de données modernes (BWT, De Bruijn graph, Bloom filter, k-mers approach, etc.) pour optimiser les performances.
Responsabilité de projets :
- Être responsable (owner) de projets bioinformatiques complexes, en assurant leur succès de bout en bout.
- Travailler de manière autonome tout en respectant les deadlines et les objectifs fixés.
Participation au cycle Scrum :
- Rédiger et documenter les tickets avec clarté et précision.
- Contribuer activement aux séances de grooming pour définir les spécifications fonctionnelles et techniques des tâches.
- Collaborer avec les membres de l’équipe pour s’assurer que les solutions respectent les objectifs techniques et cliniques.
Collaboration et communication :
- Travailler étroitement avec les équipes de data science, en intégrant leurs modèles et analyses pour optimiser les performances des pipelines.
- Collaborer dans un environnement pluridisciplinaire incluant des développeurs front-end, back-end, data scientists, ingénieurs QA, bioinformaticiens, Product Owners, Scrum Masters et Product Managers.

Profil recherché
Compétences et expérience requises
Indispensables :
Formation en bioinformatique, informatique ou discipline connexe (Bac+5 ou équivalent).
Expérience professionnelle : minimum 2 ans pour un poste intermédiaire, minimum 5 ans ou plus pour un poste sénior.
Solide expérience en développement de pipelines bioinformatiques sur des données NGS.
Bonne maîtrise du langage Python.
Connaissances en génétique médicale, notamment en oncologie ou maladies rares.
Familiarité avec les outils d’alignement, d’appel de variants et de manipulation de données NGS.
Capacité à rédiger et documenter les tickets et les spécifications techniques de manière claire et structurée.
Capacité à travailler de manière autonome sur des projets complexes tout en collaborant efficacement avec une équipe.
Compétences appréciées :
Expérience avec des gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake).
Connaissance des environnements cloud et des technologies de conteneurisation (AWS, Docker, Kubernetes).
Familiarité avec les bases de données génomiques et outils d’annotation (NCBI, Ensembl, VEP, etc.)
Pratique des méthodologies Agile/Scrum et collaboration cross-fonctionnelle.
Habitude de travailler dans des environnements soumis à des contraintes de rapidité et de pression, typiques d'une startup.
Profil recherché
Nous recherchons un(e) candidat(e) :
Orienté(e) utilisateur : Conscient(e) de l’impact direct des solutions développées sur la vie des patients.
Collaboratif(ve) et positif(ve) : Avec un esprit d’équipe
Curieux(se) et rigoureux(se) : Capable de traduire les besoins cliniques en solutions bioinformatiques innovantes et performantes.

Montpellier, France

Hybrid

10-01-2025